De eerste vermelding van de aanwezigheid van een orgel in de Grote of Sint Michaëlskerk is van 1505. Het is niet duidelijk wie ‘meister Johan’ is, die dit werk op zich nam.
Gedacht is aan Johan ten Damme, Johan Jacobsz. van Bilstein, Jan Graurock en Jan van Covelens. Het was een drieklaviers orgel met Pedaal: een als Blokwerk (32-34 sterk) uitgevoerd Hoofdwerk (24-voet), een Bovenwerk met 4 of 5 registers en een Rugpositief met vier stemmen.
In 1641 vond men de tijd gekomen om het orgel te moderniseren. Aan de orgelbouwer Jan Morlet III uit Arnhem werd opgedragen een bestek voor de verbouwing te maken.
Op inventieve wijze maakte hij de grondreeksen van het Blokwerk zelfstandig bespeelbaar op het pedaal. Het Blokwerk liet hij onaangetast. In 1643 was hij klaar met de verbouwing.
Door de ineenstorting van de toren in 1682 werd het oude orgel onherstelbaar beschadigd. Geld voor reparatie en herbouw van het orgel of voor de bouw van een nieuw orgel was er blijkbaar niet, want het orgel werd gedemonteerd en in afwachting van betere tijden opgeslagen.
De kerk bleef daarna jaren verstoken van een hoofdorgel, totdat in 1718 Bernard Huete, arts en burgemeester van Zwolle, een aanzienlijk bedrag schonk voor de bouw van een nieuw orgel. Zijn broer Thomas deed daar nog wat bij.