Toen in 1790 het orgel op verzoek van het stadsbestuur werd nagekeken door de in Rotterdam wonende Andries Wolfferts en de in Utrecht gevestigde Gideon Thomas Bätz bleek er nogal wat aan het orgel te mankeren. Een eerste offerte werd te duur bevonden. De orgelbouwer Albertus van Gruizen uit Leeuwarden repareerde het orgel tegen een schappelijker prijs en bleef ook enkele jaren het onderhoud verzorgen.
1n 1837 was het orgel toe aan een volgende algehele opknapbeurt. Het werk werd door inschrijving op een vastgesteld bestek gegund aan de laagste inschrijver Petrus van Oeckelen uit Groningen en omvatte een groot aantal werkzaamheden, niet alleen reparaties, maar ook wijzigingen in de dispositie. Van Oeckelen zette vaart achter de klus; ruim een maand later lag al een keuringsrapport op tafel van organist S.A. Hempenius en J. Prins.
[Tekening: © Sarah van Veldhuizen, Zwolle]
Men bleef het orgel veranderen. In 1853 voerde de Zwolse orgelbouwer J.C. Scheuer een aantal onderhoudswerkzaamheden, maar ook enkele veranderingen uit. In 1882 werd het orgel nogmaals door Van Oeckelen onder handen genomen. Naast herstelwerkzaamheden werden opnieuw wijzigingen in de dispositie aangebracht.
Dat zelfde deed J. Proper in 1910 en de firma Van Dam in 1925.
Van het oorspronkelijke instrument was intussen niet veel meer over. Vooral de vulstemmen, die zo kenmerkend zijn voor de orgels uit de barok, waren bijna geheel verdwenen. Maar het barokke karakter zou nog verder worden aangetast door het Rugwerk in een zwelkast te plaatsen. Door J.C. Sanders werd in 1936 een elektrische tractuur voor het Pedaal aangebracht.